Le Regioni e le Province Autonome rivestono il ruolo di Organismi Intermedi in quanto gestiscono direttamente alcune misure e parte dei fondi assegnati al Programma Operativo FEP (PO FEP) nel suo insieme.

Le misure a diretta gestione regionale sono: 

• ammodernamenti
• piccola pesca costiera
• compensazioni socio economiche 
• acquacoltura (comprese misure idroambientali, sanitarie e veterinarie) 
• acque interne 
• trasformazione e commercializzazione
• azioni collettive 
• fauna e flora acquatica 
• porti da pesca 
• modifiche dei pescherecci 
• sviluppo sostenibile zone di pesca.

Inoltre, gli Organismi Intermedi gestiscono parte dei fondi assegnati alle seguenti misure: 

• sviluppo mercati e campagne consumatori 
• progetti pilota 
• assistenza tecnica.

Gli Organismi Intermedi, in qualità di soggetti responsabili a livello territoriale della programmazione, attuazione e certificazione delle operazioni ammissibili, devono individuare nel loro organigramma due distinti Uffici Responsabili, rispettivamente, della gestione e della certificazione, garantendo una adeguata separazione delle funzioni tra gli Uffici.

L’Ufficio Responsabile della Gestione, oltre a partecipare ai Comitati di Sorveglianza, assolve ai seguenti compiti: 

• reportistica: coadiuvare l’Amministrazione centrale nell’elaborazione dei rapporti annuali di esecuzione delle misure ai sensi dell’art. 67, e tutti gli altri rapporti previsti dai Regolamenti in vigore; 
• gestione domande per le misure di competenza: individuare, sulla base delle metodologie condivise con l’Autorità di gestione, i requisiti per l’ammissione al finanziamento dei progetti, redigere la relativa normativa per l’aggiudicazione degli stessi, organizzare e gestire le procedure finalizzate all’archiviazione delle domande di contributo presentate ed eseguire il monitoraggio finanziario; 
• valutazione: assistere il valutatore indipendente nominato dall'Amministrazione centrale per la valutazione del PO FEP;
• informatizzazione per le misure di competenza: immettere nel sistema informatizzato dei dati finanziari, fisici e procedurali relativi a ciascuna operazione; 
• informazione: gestire, per la parte di competenza, la fase relativa all’informazione e alla pubblicità e degli atti a valenza esterna.

L’Ufficio Responsabile della Certificazione a livello regionale è coordinato dall’Autorità di Certificazione, la quale riceve da esso, per la parte di propria competenza, le attestazioni di spesa e le domande di pagamento. L’Ufficio assolve, in particolare, i seguenti compiti: 

• certificazione delle spese intermedie e finali;
• elaborazione domande di pagamento intermedie e finali per la parte di competenza; 
• contabilità degli importi recuperabili, dei recuperi effettuati e delle spese ritirate.

La Regione Lombardia ha individuato nel proprio organigramma: 

• l’Ufficio Responsabile della Gestione, referente regionale dell’Autorità di Gestione per la Lombardia nella DG Agricoltura – U.O. Sviluppo e Tutela del Territorio Rurale e Montano;
• l’Ufficio Responsabile della Certificazione, referente regionale dell’Autorità di Certificazione per la Lombardia nella DG Programmazione Integrata – U.O. Ragioneria Generale e Direzione OPR.