L’Autorità di Gestione è responsabile della gestione e attuazione del Programma Operativo FEP (PO FEP) secondo il principio di una solida gestione finanziaria. Per l’Italia equivale al Ministero delle Politiche agricole alimentari e forestali - Direzione Generale della pesca marittima e dell’acquacoltura - Divisione PEMAC 5.

Ai sensi dell’art. 59 del Reg. (CE) n. 1198/2006, l’Autorità di Gestione deve assolvere, in particolare, i seguenti compiti:

• indirizzo e coordinamento per l’applicazione del FEP: modalità di scambio di informazioni; mantenimento dei rapporti con gli organismi intermedi e la Commissione Europea per una corretta attuazione delle misure; partecipazione al Comitato di Sorveglianza; 
• predisposizione degli atti di programmazione e delle metodologie comuni cui ciascun Organismo Intermedio deve far riferimento per l’attuazione delle misure, e verifica delle spese dichiarate; 
• in caso di rilevazione di problematiche, individuazione e segnalazione di soluzioni ad esse applicabili; 
• elaborazione dei rapporti annuali di esecuzione ai sensi dell’art. 67 del Reg. (CE) n. 1198/2006, e di tutti gli altri rapporti previsti dai Regolamenti in vigore; 
• definizione dei criteri e delle modalità attuative per le misure di competenza; 
• individuazione del valutatore indipendente e assistenza per la stesura della valutazione ex ante, intermedia e ex post, in qualità di responsabile della valutazione del PO FEP; 
• gestione del sistema informatizzato di registrazione e conservazione dei dati contabili relativi a ciascuna operazione; 
• organizzazione e gestione della fase relativa all’informazione e alla pubblicità del PO FEP e di tutti gli atti a valenza esterna.