Le Linee guida di Attuazione rappresentano lo strumento di riferimento per l’attuazione degli interventi previsti dal programma operativo.

Il documento, infatti, declina, per ogni asse, le linee di intervento. Esse non esauriscono, tuttavia, tutte le iniziative che potranno essere attivate in futuro sul programma qualora se ne ravvisasse la necessità. Si tratta di un documento amministrativo rivolto a tutti i soggetti che sono coinvolti nell’attuazione del programma.

Le linee guida di attuazione sono state portate all’attenzione del Comitato di Sorveglianza e approvate dalla Giunta Regionale con delibera n. VIII/8298 del 29 ottobre 2008 e aggiornate con delibera VIII/10905 del 23 dicembre 2009 e delibera n. VIII/11177 del 3 febbraio 2010.

Successivamente sono state modificate con delibere n. IX/324 del 28 luglio 2010, n. IX/378 del 5 agosto 2010 e n. IX/1451 del 16 marzo 2011.

Con delibera IX/1817 del 8 giugno 2011 viene integrata la Linea d'intervento 1.1.1.1 "Sostegno alla ricerca industriale e all’innovazione di alto profilo nei settori di punta delle PMI lombarde; all’innovazione di sistema ed organizzativa, di interesse sovraziendale” con l'introduzione dell’Azione D. L'Azione D è intesa come integrazione strategica e finanziaria con le iniziative previste nell’ambito dell’Accordo di Programma tra il Ministero dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca e Regione Lombardia, in materia di Ricerca nei settori dell’Agroalimentare, Aerospazio, Edilizia Sostenibile, Automotive e Energia, Fonti Rinnovabili e implementazione dei distretti tecnologici già riconosciuti delle Biotecnologie, ICT e Nuovi Materiali.

Con delibera IX/3203 del 29 marzo 2012 vengono integrate:

- le quattro Linee d'intervento dell'Asse 3 "Mobilità Sostenibile" mediante introduzione della procedura concertativa-negoziale;

- la Linea d'intervento dell'Asse 4 "Tutela e valorizzazione del patrimonio Naturale e Culturale" mediante adozione di misure di semplificazione amministrativa relative al ricorso di strumenti negoziali.

Con delibera IX/4210 del 25 ottobre 2012 viene modificata ed integrata la Linea d'intervento dell'Asse 4 "Tutela e valorizzazione del patrimonio Naturale e Culturale" mediante modifica degli indici di flessibilità delle spese ammissibili in ambito di strumenti negoziali".

La delibera IX/4321 del 26 ottobre 2012:

- modificata ed integrata la Linea d'intervento 1.1.1.1 "Sostegno alla ricerca industriale e all’innovazione di alto profilo nei settori di punta delle PMI lombarde; all’innovazione di sistema ed organizzativa, di interesse sovraziendale” con l’introduzione dell’Azione E "Sostegno alla realizzazione di progetti di ricerca industriale e sviluppo sperimentale del settore delle Smart Cities and Communities";

- introduce i contenuti della Linea d'intervento 1.1.1.2 "Sviluppo di Centri di competenza di rilievo regionale";

- modificata ed integrata la Linea d'intervento 1.1.2.1 "Sostegno alla crescita della capacità competitiva delle imprese lombarde" con l’introduzione dell’Azione F "Sostegno alle reti d'impresa".

Con successiva delibera IX/4322 del 26 ottobre 2012 viene modificata ed integrata la Linea d'intervento 1.1.2.1 "Sostegno alla crescita della capacità competitiva delle imprese lombarde" con l’introduzione dell’Azione E "Piani di rilancio aziendale".

Al fine di una migliore accessibilità ai documenti, l'Autorità di Gestione, con decreto 681 del 1° febbraio 2013, ha provveduto all'approvazione di un Testo Unico delle Linee Guida di Attuazione del POR FESR attivate, un documento che raccoglie tutti i provvedimenti attivati dal primo (29 ottobre 2008) all'ultimo (26 ottobre 2012).

La delibera X/465 del 23 luglio 2013 modifica la Linea d'intervento 1.1.2.1 "Sostegno alla crescita della capacità competitiva delle imprese lombarde" Azione E "Piani di rilancio aziendale" rettificando parzialmente i requisiti dei beneficiari e dei fornitori.

Con delibera X/733 del 27 settembre 2013 è stata avviata la Linea d'intervento 1.2.1.1 "Sviluppo di reti e sistemi informativi per la diffusione e condivisione di informazioni e servizi tra le PMI, tra PMI e Sistema della ricerca, tra PMI e PA" Azione A "Open Innovation" con lo scopo di proporre un nuovo modello di policy per l'innovazione regionale all'interno dell'obiettivo specifico 1.2 dell'Asse 1 del POR FESR 2007-2013 "Rafforzare la capacità di governance per migliorare la competitività del sistema lombardo della conoscenza; intensificare, semplificare e innovare le relazioni tra gli attori del sistema".

La delibera X/1434 del 28 febbraio 2014 introduce alla Linea d'intervento 1.2.2.1. l'Azione B "Progetto Zero Digital Divide" per annullare il divario digitale in Regione Lombardia. Il progetto è realizzato nelle aree lombarde a fallimento di mercato, coerentemente con quanto disposto dal Piano Nazionale Banda Larga.

Con delibera X/2029 dell'1 luglio 2014 alla Linea d'intervento 1.1.2.2. "Sostegno in ogni fase del ciclo di vita -Business activity- delle imprese" (ex "Sostegno alla nascita e alla crescita di imprese lombarde"), vengono introdotte l'Azione A "Sostegno alla nascita e allo sviluppo delle imprese" e l'Azione B "Sostegno al fabbisogno di liquidità  delle imprese" ricorrendo  allo strumento di ingegneria finanziaria "Fondo Jeremie FESR".

La delibera X/2272 dell'1 agosto 2014 che modifica la Linea d'intervento 1.2.2.1. introducendo un’ulteriore tipologia di intervento di potenziamento della connettività a Banda Ultra Larga (modello A e modello C)  prevista dal Piano Digitale Banda Ultra Larga

Con delibera X/2378 del 19 settembre 2014, relativamente alla  Linea d'intervento 1.1.2.2. "Sostegno in ogni fase del ciclo di vita -Business activity- delle imprese", viene attivata e modificata l'Azione B "Sostegno al fabbisogno di liquidità delle imprese" mediante la concessione di garanzie del fondo Jeremie FESR alle MPMI, con sede operativa o sede legale in Lombardia, nell'ambito della linea d'intervento "Credito in cassa B2B" attivata nell'ambito del protocollo d'intesa di Regione Lombardia.

La delibera X/2379 del 19 settembre 2014 modifica la Linea d'intervento 1.1.2.1 "Sostegno alla crescita della capacità competitiva delle imprese lombarde" Azione E "Piani di rilancio aziendale" al fine di attivare un nuovo bando che includa tra i beneficiari micro imprese, cooperative e ne aumenti il massimale di agevolazione.

Con delibera X/2484 del 10 Ottobre 2014 la Linea d'Intervento 2.1.1.2 Azione C "Climatizzazione attraverso fonti geotermiche attraverso l'uso di pompe di calore" viene intergrata mediante l'introduzione della modalità di attuazione concertativa-negoziale e la relativa riprogrammazione dell'intensità contributiva al fine di dare seguito al Protocollo di intesa tra Regione Lombardia e ministero della Giustizia finalizzato a realizzare interventi di climatizzazione nelle strutture carceraie lombarde di Bergamo, Busto Arsizio (VA), Cremona, Lodi, Opera (MI), Varese e Voghera (PV).

La delibera X/3619 del 21 maggio 2015 modifica la Linea d'intervento 1.1.2.1 "Sostegno alla crescita della capacità competitiva delle imprese lombarde" introducendo l'Azione G "Sostegno all'innovazione delle imprese".