A differenza del passato, sono tre i fondi che finanziano gli interventi:

• Fondo Europeo di Sviluppo Regionale (FESR)
  Il Fondo europeo di sviluppo regionale (Fesr) promuove gli investimenti e contribuisce a ridurre gli squilibri regionali in Europa. In materia finanziaria le priorità comprendono la ricerca, l'innovazione, le questioni ambientali e la prevenzione dei rischi. Il Fesr partecipa quindi al finanziamento di investimenti produttivi che contribuiscono alla creazione e al mantenimento di posti di lavoro stabili, in primo luogo attraverso aiuti diretti agli investimenti principalmente nelle piccole e medie imprese, di investimenti in infrastrutture e dello sviluppo di potenziale endogeno attraverso misure che sostengano lo sviluppo regionale e locale.  
• Fondo Sociale Europeo (FSE)
  Il Fondo sociale europeo (Fse), i cui progetti sono attuati in linea con gli orientamenti e le raccomandazioni formulate nel quadro della Strategia europea per l'occupazione, è volto a promuovere migliorare l'occupazione, la qualità e la produttività, oltre che l'integrazione sociale.   
• Fondo di Coesione (FC) non interessa l'Italia.
  Il Fondo di Coesione, è uno strumento strutturale che aiuta gli Stati membri a ridurre le disparità economiche e sociali e a stabilizzare la propria economia. Finanzia la realizzazione di grandi progetti in materia di ambiente e infrastrutture di trasporto. 

Non sono considerati strumenti della politica di coesione, pur operando in modo coordinato con essi: 

• il Fondo europeo agricolo per lo sviluppo rurale (FEASR) - subentrato al FEAOG
  Esso  contribuisce alla promozione dello sviluppo rurale sostenibile. Migliora la competitività dei settori agricolo e forestale, l'ambiente e la gestione dello spazio rurale nonché la qualità della vita e la diversificazione delle attività nelle zone rurali.
• il Fondo europeo per la Pesca (FEP) - subentrato allo SFOP
  Esso agevola l'applicazione dell'ultima riforma della politica comune della pesca (PCP) e sostiene le ristrutturazioni necessarie correlate all'evoluzione del settore.

Tre sono anche gli obiettivi dei nuovi fondi: 

• Convergenza (ex Obiettivo 1), a cui la Lombardia non partecipa finanziato da FESR, FSE e FC
• Competitività regionale e occupazione (ex Obiettivi 2 e 3) finanziato da FESR e FSE
• Cooperazione territoriale europea (ex iniziativa comunitaria Interreg)

Cambiano anche le fasi di programmazione dell'utilizzo dei fondi:

• La Commissione Europea adotta degli orientamenti strategici per la coesione, una sorta di linee guida contenenti principi e priorità che le autorità nazionali e regionali devono seguire nella redazione dei documenti di programmazione dei fondi;
• ogni Stato membro adotta il Quadro Strategico di riferimento nazionale (QSN); 
• sulla base del QSN, gli Stati membri e le Regioni propongono dei Programmi operativi nazionali(PON) e regionali (POR), uno per ogni fondo, contenenti la definizione delle priorità, le disposizioni di attuazione ed il piano finanziario. I programmi operativi, che sostituiscono i precedenti Complementi di Programmazione e sono adottati con Decisione della Commissione.