Il sistema di controllo è articolato in:

Controlli di 1° livello – ovvero controlli amministrativi e contabili demandati alla Struttura Controllo Accreditamento Valutazione della U.O. Autorità di Gestione, che ha la responsabilità di effettuare i controlli su base documentale di tutte le operazioni inserite nel Programma Operativo e controlli in loco di un campione selezionato di tali operazioni, sia che vengano eseguite a titolarità sia che vengano eseguite avvalendosi di un Organismo Intermedio coinvolto nella gestione, nell’ambito dell’attività di audit volta ad accertare l’affidabilità del sistema di gestione e controllo dello stesso. Tali controlli hanno come scopo di assicurare che le spese oggetto di certificazione siano state sottoposte al controllo di primo livello da parte di un ufficio indipendente dalle attività gestionali.

I controlli di 1° livello effettuano la verifica del rispetto delle disposizioni e condizioni specifiche indicate nei singoli avvisi, la verifica del mantenimento dei requisiti dell’accreditamento, il controllo della realizzazione, della qualità e del raggiungimento dell’obiettivo delle operazioni cofinanziate.

Controlli di 2° livello, ovvero controlli a campione tesi a verificare l’efficace funzionamento dei sistemi di gestione e di controllo, la loro idoneità a fornire informazioni circa la correttezza delle dichiarazioni di spesa presentate alla Commissione e circa la legittimità delle relative transazioni economiche. Tali controlli sono inoltre finalizzati alla redazione di rapporti annuali e di un rapporto finale di controllo da presentare alla Commissione, nonché al rilascio di una dichiarazione di chiusura che attesti la validità della domanda di pagamento del saldo e la legittimità delle relative transazioni economiche e, qualora si tratti di chiusura parziale, la legittimità e regolarità delle spesa in questione.

L’attività di controllo a campione delle operazioni è svolta dall’ AdA, che può avvalersi anche dell’ausilio di soggetti esterni che dispongano della necessaria indipendenza funzionale dall’AdG e dall’AdC del POR.

L’Amministrazione regionale assicura la separazione delle funzioni fra i sistemi di gestione e controllo e all’interno degli stessi, ai sensi dell'art. 58 del Regolamento (CE) del Consiglio n. 1083/2006.

La Regione, attraverso le proprie strutture coinvolte ai diversi livelli nell’attività di implementazione del POR, opera per prevenire, individuare e correggere le irregolarità e recuperare gli importi indebitamente versati, in applicazione dell’art. 70 del regolamento generale e delle modalità di applicazione adottate dalla Commissione.

In particolare la Regione, ogni qualvolta attraverso le proprie azioni di controllo individua una violazione del diritto comunitario che possa arrecare pregiudizio al bilancio generale dell’Unione europea, avendone fatto oggetto di un primo atto di accertamento amministrativo o giudiziario, provvede ad informare la Commissione entro i due mesi successivi al termine di ogni trimestre con una apposita scheda. La comunicazione trimestrale sulle irregolarità viene effettuata anche se di contenuto negativo.

La struttura regionale incaricata di raccogliere le informazioni da tutti gli uffici e di comunicarla alla Commissione attraverso la competente amministrazione centrale dello Stato è l’Autorità di Gestione del POR.

Qualora a seguito di uno dei controlli descritti in precedenza si accertino delle irregolarità di natura non penale, l’Autorità di Gestione mette in atto le seguenti azioni:

• avvio della procedura di recupero crediti, con eventuale successivo decreto ai sensi del RD 639/1910 ed emissione di cartella esattoriale da parte della società EquitaliaS.p.A.;
• disposizione del fermo amministrativo in via cautelare di tutte le somme da erogare, ai sensi dell’art. 64 bis della LR 34/78, nel caso in cui il soggetto beneficiario vanti crediti  nei confronti dell’Amministrazione Regionale e contemporaneamente sia oggetto di controlli di tipo giudiziario e/o amministrativo;
• attivazione della procedura di compensazione con eventuali crediti vantati dal beneficiario ai sensi dell’art. 55 comma 2 bis L.R. 34/78;
• segnalazione OLAF alla Commissione Europea delle irregolarità oggetto di accertamento amministrativo o giudiziario, secondo gli artt. 3 e 5 del Regolamento della Commissione Europea 11 luglio 1994 n. 1681 “Irregolarità e recupero delle somme indebitamente pagate nell'ambito del finanziamento delle politiche strutturali nonché organizzazione di un sistema d'informazione in questo settore”.

Al fine di garantire un ulteriore presidio della funzione di controllo del POR FSE, è stato inoltre stipulato un apposito Protocollo di Intesa con il Comando Regionale Lombardia della Guardia di Finanza, volto al coordinamento dei controlli e allo scambio di informazioni in materia di finanziamenti e contributi. Grazie a questo accordo, qualora si verificasse una qualsiasi ipotesi di danno al bilancio pubblico, la Direzione Generale può chiedere di acquisire tutti i documenti e le notizie utili all’attivazione delle misure amministrative di tutela, nei limiti della segretezza istruttoria. 

In caso di frode, inoltre, l’Amministrazione regionale mette in atto le seguenti azioni:

• costituzione di parte offesa nonché di parte civile, al fine di conseguire il risarcimento del danno in sede penale nei confronti dei legali rappresentanti o di altre figure professionali imputate;
• attivazione della procedura civile di risarcimento del danno, nel caso di stralcio in sede penale di alcune posizioni processuali;
• trasmissione delle evidenze documentali delle irregolarità alla Procura erariale per frodi di particolare rilevanza o, in presenza di elementi consolidati sotto il profilo probatorio (rinvio a giudizio, sentenza primo grado, patteggiamento etc.), anche in caso di irregolarità amministrative;
• compensazione con eventuali crediti vantati dal beneficiario, in presenza di elementi consolidati sotto il profilo probatorio;
• fermo amministrativo ai sensi dell’art. 64 bis della LR 34/78, laddove sussistano posizioni creditorie in capo al beneficiario. 

Il recupero degli importi indebitamente versati a carico del POR, ed eventualmente il provvedimento di revoca totale o parziale dell’impegno e/o della liquidazione del pagamento è disposto dal Responsabile di servizio, che attraverso l’allegato alla scheda di certificazione dei pagamenti inviata periodicamente all’AdG e all’AdC, contabilizza l’importo assoggettato a rettifica finanziaria. L’AdC contestualmente all’aggiornamento periodico del registro dei pagamenti, procede all’aggiornamento del registro dei recuperi ed a compilare l'apposita scheda di comunicazione per la Commissione, accompagnata dalla attestazione degli importi in attesa di recupero.