L’Autorità di Certificazione adempie a tutte le funzioni corrispondenti a quanto definito dal Regolamento (CE) del Consiglio n. 1803/2006, secondo le modalità attuative definite dal Regolamento (CE) della Commissione n. 1828/2006.

In particolare, essa è incaricata dei compiti seguenti:

a) elaborare e trasmettere alla Commissione, per il tramite dell’Organismo di cui al par. 5.2.3, le dichiarazioni certificate delle spese e le domande di pagamento;

b) certificare che:

• la dichiarazione delle spese è corretta, proviene da sistemi di contabilità affidabili ed è basata su documenti giustificativi verificabili;
• le spese dichiarate sono conformi alle norme comunitarie e nazionali applicabili e sono state sostenute in rapporto alle operazioni selezionate per il finanziamento conformemente ai criteri applicabili al programma e alle norme comunitarie e nazionali;

c) garantire di aver ricevuto dall'Autorità di Gestione informazioni adeguate in merito alle procedure seguite e alle verifiche effettuate in relazione alle spese figuranti nelle dichiarazioni di spesa;

d) operare conseguentemente ai risultati di tutte le attività di audit svolte dall'autorità di audit o sotto la sua responsabilità;

e) mantenere una contabilità informatizzata delle spese dichiarate alla Commissione;

f) tenere una contabilità degli importi recuperabili e degli importi ritirati a seguito della soppressione totale o parziale della partecipazione a un'operazione.

Gli importi recuperati sono restituiti al bilancio generale dell'Unione europea prima della chiusura del Programma Operativo detraendoli dalla dichiarazione di spesa successiva.

I rapporti fra l'Autorità di Gestione e l’Autorità di Certificazione sono definiti da apposite procedure.